邪馬台国論争のすべての源泉は、中国の歴史書『三国志』魏書東夷伝倭人条（通称「魏志倭人伝」、280年頃成立）にある。著者・陳寿が記した倭国の地理描写には、方角・距離・日数などの記述が含まれるが、その解釈が著しく困難であることが後世の論争を招いた。

一方、8世紀に成立した『日本書紀』（720年）は、神功皇后摂政39・40年の条に魏志を引用しつつ卑弥呼に関する記述を組み込んだ。これが邪馬台国と大和朝廷の連続性という問題を日本の史書に持ち込み、政治的・歴史的含意をはらんだ論争の土台となった。

魏志倭人伝の「南」を字義通りに取ると、九州を大きく超えて海上に出てしまうという矛盾が古来指摘されており、この「南→東誤記説」か「距離・日程の誇張説」かという解釈論が後の九州説・畿内説双方の出発点となっている。

邪馬台国をめぐる近代的論争の原型は江戸時代中期に成立した。幕府の官僚学者・新井白石（1657〜1725年）と、国学の大成者・本居宣長（1730〜1801年）が、それぞれ独自の読解を展開し、後の九州説・畿内説の原型を形成した。

白石は著書『外国之事調書』（1709年）・『古史通或問』（1716年）において、魏志倭人伝の行程を地理的に分析し、邪馬台国＝北九州（大和邪馬台国）に位置づけた。彼は「壹」字を「臺」の誤写と見なし、地名の音韻的対応を重視した合理主義的アプローチを取った。

これに対し本居宣長は『馭戎慨言』（1778年）等で正面から反論。魏志倭人伝は中国人の記録であり誤記が多いと断じ、邪馬台国は畿内・大和の勢力とは別物であり、卑弥呼の記述は日本の正史たる『日本書紀』と相容れないとした。宣長にとって、邪馬台国の記述が大和朝廷の起源に直結するという解釈そのものへの批判でもあった。

明治維新後、西洋の近代歴史学の手法が日本に導入され、邪馬台国論争は実証史学の文脈で再編された。とりわけ漢籍の文献考証と地理学的分析を組み合わせた手法が発展し、論争の精度が格段に上がった。

那珂通世は魏志倭人伝の行程記事を周到に分析し、「南」を「東」の誤記と見なすことで行程を九州内に収める解釈（北部九州説）を体系化した。中国史書の用字法や地理観に精通した東洋史学の立場から、史料批判に基づく読解を提示し、後の白鳥庫吉の論証に大きな影響を与えた。

久米邦武は『上古日本の文字と倭人伝』などで文献考証を進め、倭人伝の記録する方位・里程・日程を組み合わせた地理的比定を試みた。彼はのちに神道批判論文で帝国大学を追われるという事件（久米邦武筆禍事件・1892年）を経験するが、史料実証の方法論は後世の研究者に継承された。

この時代には、中国・朝鮮の関連史書（後漢書、梁書など）との対照研究も進み、魏志単独ではなく複数史書の総合的解読という方法論が確立されていく。

1910年代、邪馬台国論争は日本近代史学における最大の学術論争として展開した。東大系の白鳥庫吉と京大系の内藤湖南が真っ向から対立し、「東大説vs京大説」「九州説vs畿内説」という二大対立の構図が確立された。

この論争の画期的な点は、単なる行程解釈の問題を超えて、邪馬台国と大和朝廷の関係という日本古代史の根幹をめぐる問いへと発展したことにある。白鳥説は両者を切り離し（断絶説的）、内藤説は連続性を重視した（連続説的）。この対立軸は現代の論争にも引き継がれている。

また、この論争は「東大（実証主義・文献優先）vs 京大（総合解釈・文化史重視）」という二大史学の方法論的対立という側面も持ち、日本の人文学界に大きな知的遺産を残した。

戦後、GHQによる占領政策と民主化の流れの中で、皇国史観に基づく歴史学が解体・再編された。邪馬台国論争は文献史学のみならず考古学との融合という新たな局面を迎え、論争は一層複雑・精緻になっていく。

1960年代以降、著名な大衆向け論客が登場したことで邪馬台国論争はアカデミズムを超えた社会的ブームとなった。松本清張（九州説・1971年）、井上光貞、上田正昭らが論陣を張り、邪馬台国は戦後日本最大の歴史ロマンの一つとなった。

考古学の発展は論争に新たな証拠を次々と供給した。特に1970〜80年代の北部九州・平原遺跡（伊都国王墓）の発掘は九州説を、奈良県・纒向遺跡の大規模集落跡の確認は畿内説をそれぞれ力付ける材料として援用された。しかし考古学的証拠の「どちらが邪馬台国か」という帰着は、依然として文献解釈と不可分であり、決定打とはならなかった。

21世紀に入り、邪馬台国論争は新たな考古学的発見と科学的分析の進歩によって再び活性化している。特に奈良・纒向遺跡の大規模調査（2009年〜）は、畿内説を大きく後押しする証拠を提供した。

現在のアカデミズムでは、考古学の発掘成果を背景に畿内説（纒向説）が優勢とされる傾向が強まっている。文化庁や多くの国立大学の考古学系研究者は畿内説を有力視し、教科書記述も「畿内説が有力」という表現に傾きつつある。一方で九州説を主張する研究者も根強く存在しており、論争は終結していない。

また、SNSや一般書籍を通じた大衆的議論は依然として活発であり、邪馬台国は「解決されない古代史最大の謎」として日本社会に深く根付いている。邪馬台国論争は純粋な学術問題を超え、日本人の自己認識・歴史観・ナショナル・アイデンティティに深く関わる文化的事象となっている。